如今，石头城遗址博物馆入口设计方案征集已经正式启动，按照规划，该馆将设置在清凉山顶。

明故宫遗址

南京明故宫自1366年始建以来已经历了600多年的风雨，1956年10月，明故宫遗址被列为江苏省文物保护单位，2006年5月被列为国家重点文物保护单位。

据史料记载，当年朱元璋命令刘基在城东钟山的“龙头”前寻得风水宝地，为此，征发军民工匠20多万人，填燕雀湖建造皇宫，明故宫也因此成为中国都城史上唯一一个填湖建宫的遗址实例。如今，明故宫遗址公园内尚存午门城墙、石狮、玉带河、内金水桥、照壁以及各类石刻、石水缸、石柱础等大量珍贵文物和历史遗迹。