为深入解读南京城墙及其文化遗产价值，为观众带去科学严谨的科普内容，南京城墙围绕明故宫、外郭城、护城河、黏合剂、军事防御功能等基础内容研究开展了多项科研课题。

比如是什么将上亿块城砖紧紧黏在一起，使南京明城墙经历风霜雨雪、战火摧残至今依然屹立不倒？

这是让很多人穷尽了脑汁至今都想不明白的一个问题。明朝宋应星《天工开物》中记载，中国古代建筑中，已经普遍使用石灰、糯米汁、杨桃藤浆作为黏合材料。但是，南京城墙长达70里，用了将近4亿块城砖，在当时战乱初平、国力艰难的情况下，连驻军和筑城工人的口粮都难以供应齐全，朱元璋又是如何找来这么多糯米汁用以筑城？这显然是个非常现实的问题。专家在研究中发现，在元末的时候，朱元璋还下达过一个命令，就是“禁糯令”，禁止在他统治区域内种糯米，在这种情况下用大量的糯米汁来修筑城墙又有多大可能性？如果没有这种可能性，那么，明城墙的黏合剂到底由什么构成，又是什么样的配比？南京城墙一直在对这个问题进行探寻。
此外，“南京城墙记忆”数字化系列项目历时三年完成，该项目收集了百位社会各界人士的城墙故事，不仅有谢辰生、蒋赞初等著名专家学者，也有城墙保护工作者、志愿者及城墙边生活的普通人。展览末尾以这些珍贵的口述历史搭建起的“百人记忆墙”，向观众诉说着那些不为人知的城墙历史，也在唤醒了每一位观众心中属于自己的城墙记忆。